EL nombre, POPAYAN, según la tradición oral de la ciudad, proviene del Cacique Payán, jefe de la tribu indígena que habitaba el área alrededor del monte hoy conocido como cerro de la Eme o de las Tres Cruces cuando llegaron los conquistadores españoles.
Según el historiador Arcesio Aragón, el origen de la palabra es Pampayán, que se compone de dos vocablos quechuas: pampa, cuyo significado es, valle, sitio, paso; y yan, cuyo significado es río. Paso del río, ya que por allí pasa el río Cauca.
Otro[cita requerida] cronista antiguo decía que la palabra Popayán, se deriva de algún dialecto autóctono americano como el Guambía y se descompone de la siguiente manera: po:dos, pa: paja y yan: caserío, o sea, dos caseríos de paja.